サンライズのWEBサイト「矢立文庫」連載の小説を原作に、スマートフォンアプリ「ガンダムファンクラブ」で独占先行配信された全6話のショートアニメ「機動戦士ガンダム Twilight AXIS」に新作シーンを加えた特別版「シャアの反乱」から3年後の宇宙世紀0096年、サイコフレームの存在を脅威に感じた地球連邦政府は、情報部のメーメット・メルカ中尉に特殊部隊「マティスマ」を編成させ、地球圏を漂う小惑星アクシズの分断された片側に潜入・調査するよう命じる。元ジオンの技術者だったアルレット・アルマージュ、ダントン・ハイレッグという2人の民間人を加えたマティスマの面々はアクシズに潜入するが、そこで謎の新型ガンダムの強襲を受ける。「機動戦士ガンダム　サンダーボルト BANDIT FLOWER」と同時上映。