忍者は、存在しない…と、我々は思っている。仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。主人公、樱羽一时は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。彼には普通の、幸せで辉かしい日々が约束されている…はずだった。ある日、一时は命を狙われ、それが甲贺忍者の仕业であると闻かされる。なぜ一时は命を狙われたのか？それは…彼が由绪正しき、伊贺忍者第１９代正当後継者だったからなのだ！伊贺と甲贺は长年対立しており、甲贺は伊贺を侵略しようとしている。一时が生きるためには…自らも忍者になるしかない！こうして、谁も知らない忍者の世界に身を投じる一时。一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦难に立ち向かう。だがそれは、一时が辿る过酷な运命の、ほんの序章でしかなかった…。